In Lost Judgment keert de straatvechtende advocaat en detective Takayuki Yagami terug naar Tokio en Yokohama om de misdaad te bestrijden. Samen met zijn partner ex-yazuka Masaharu Kaito duiken ze in een web vol samenzweringen. Lukt het hen gerechtigheid toe te passen?
Wanneer een lijk wordt gevonden in Yokohama, wordt Akihiro Ehara tegelijkertijd beschuldigd van moord en het betasten van een vrouw in een trein. Zijn advocaat twijfelt over de zaak en schakelt op dat moment Takayuki Yagami in om de situatie verder te onderzoeken. Hoe kon hij twee misdaden op hetzelfde tijdstip hebben uitgevoerd?
Al snel ontdekt Takayuki dat er meer aan de hand is. Er komen steeds meer slachtoffers bovendrijven. In een web van complotten rond het gebroken rechtssysteem, staat hij voor een moeilijke keuze: de wet toepassen, of het recht in eigen handen nemen?